ශ්රී ලංකාවේ යටත් විජිත සමය දිවයිනේ බුද්ධ ශාසනයට මෙන් ම කැලණිය විහාරයට ද හිතකර වූවක් නො වීය. පෘතුගීසි සමයෙහි කැලණිය විහාරය බිඳ වටිනා පුරාවස්තූන් පැහැර ගත් බව ත් ඉංග්රීසි පාළන සමයෙහි කැලණිය පුදබිමට හිමි ව තිබූ සාංඝික හා ශාසනික දේපල අහිමි කොට හිරිහැර පැමිණ වූ බව ත් සඳහන් වෙයි.
VII බුවනෙකබාහුගේ පාලන සමයේදී එවකට පැවති අනෙකුත් උප රාජධානි වූ මහනුවර සහ සිටාවක යන ප්රදේශයේ ඔහුගේ ප්රතිවාදීන්ට එරෙහිව ඔහුට උදව් කිරීමේ මුවාවෙන් රජුට බලපෑම් කිරීමට ඔවුහු සමත් වූහ. පසුව ඔවුන් රජු මරා දමා එවකට කුඩා පිරිමි ළමයෙකු වූ ඔහුගේ ප්රියතම මුණුපුරාට ඔටුනු පළඳවා ඔවුන්ට අවශ්ය පරිදි රාජධානිය පාලනය කිරීමට කුමන්ත්රණය කළහ. ඉතින්, 1551 දී දිනක්, මහලු රජු කැලණියට පැමිණි අවස්ථාවේ දී හිසට වෙඩි තබා, ගඟේ පහළ ඉවුරේ ගිම්හාන ගෘහයේ විවේක ගනිමින් සිටියදී පෘතුගීසි සොල්දාදුවෙකු විසින් මරා දමන ලදී.
සැලසුම් කළ පරිදි ධර්මපාලතුමාගේ මරණයෙන් පසු, බාල කුමාරයා සිහසුනට පත් වූ අතර කෝට්ටේ දොන් ජුවන් ධර්මපාල ලෙස පිළිගැනීමට ලක් විය. ඔහු ක්රිස්තියානි ආගමට හරවාගත්, පෘතුගීසීන්ගේ අනුදැනුම මත පරිවර්තනය විය. මෙය කැලණි විහාරයේ මෙන්ම රටේ අඳුරු යුගයේ ආරම්භය විය.

ධර්මපාලතුමා පෘතුගීසීන්ට ඔටුන්න හිමි විය. ඔවුන් අනෙක් අතට ඔහු කෙරෙහි බලපෑම් කළ අතර ක්රිස්තියානි ආයතන පිහිටුවීම සඳහා ප්රදේශය තුළ ඇති සියලුම පන්සල් ඉඩම් පෘතුගීසි භික්ෂූන්ට පරිත්යාග කිරීමට ඔහුව පොළඹවා ගත්හ. එහෙයින් කොළඹදී අත්සන් කළ ඔප්පුවකින් ඔහු කැලණිය, ගඟේ උතුර සහ දකුණ, ඉඩම් හා ආදායම රෝමානු කතෝලික සභාවට තෑගි කළේය. වැඩි කල් නොගොස් දේවමාළිගාව ආසන්නයේම ක්රිස්තියානි පල්ලි සහ වෙනත් අනුබද්ධ ආයතන එහි ඉඩම්වලින් ලැබෙන ආදායමෙන් ඉදිකරන ලදී.
පෘතුගීසීන් බුදුදහම යටපත් කර ඔවුන්ගේ ක්රිස්තියානි ඇදහිල්ල ප්රචලිත කිරීමේ අරමුණ ඉටු කර ගැනීමට මෙම අවස්ථාව යොදා ගත්හ. 1567 දී ගෝවේ පැවති ආගමික උත්සවයකදී ශ්රී ලංකාවේ බෞද්ධ සිද්ධස්ථාන විනාශ කිරීමට තීරණයක් ගන්නා ලදී. පෘතුගාලයේ රජු මේ සඳහා නියෝග නිකුත් කළේය.
1575 දී පෘතුගීසි කපිතාන් ඩියාගෝ ද මෙලෝ වත්තලදී සිංහල හමුදා බලඇණියක් පරාජය කිරීමෙන් පසු කැලණියට ගියේය. මෙහිදී ඔහු තම හමුදාවන්ට දේවමාළිගාව කොල්ලකෑමට අණ කළ අතර පසුව එය විනාශ කළේය. ඉතින් ඒ අණට අනුව ක්රියාත්මක වූ පෘතුගීසීන් පන්සල කඩා බිමට සමතලා කළා.
ක්රිස්තු වර්ෂ 1640 දී දිවයිනට පැමිණි ලන්දේසීන් ඊළඟට පෘතුගීසීන් යටත් කර ගත්තේ පන්සල් විනාශ කරනවාට වඩා බුද්ධාගම යටපත් කිරීමට සහ ඔවුන්ගේ ක්රිස්තියානි ඇදහිල්ල ප්රචාරය කිරීමට ය. 1682 දී ක්රිස්තියානි පූජකවරුන්ගේ උසිගැන්වීම මත කැලණි චේතිය තිබූ ස්ථානය වැඳපුදා ගැනීම පවා තහනම් කරමින් ආඥාවක් නිකුත් කළහ.
ක්රිස්තු වර්ෂ 1689 දී මහනුවර විමලධර්ම සූරිය රජු කැලණිය විහාරය නැවත ගොඩනඟා ගැනීමට අදහස් කළ නමුත් ක්රිස්තියානු පූජකවරුන් ඊට විරුද්ධ වූ අතර ලන්දේසීන් අවසරය ප්රතික්ෂේප කළහ. 1699 සහ 1750 දී ද තවත් උත්සාහයන් දෙකක් ලන්දේසි පූජකයන් විසින් ව්යර්ථ කරන ලදී. කෙසේ වෙතත් 1780 වර්ෂයේදී එවකට උඩරට රජු වූ කිර්ති ශ්රී රාජසිංහ රජුගෙන් තවත් ඉල්ලීමක් කරන ලදී. ලන්දේසීන් රජු සතුටු කිරීමට කනස්සල්ලෙන් සිටි අතර මෙවර ඔහුගේ ඉල්ලීම ඉටු කළේය. එබැවින් මහනුවර වැලිවිට සරණංකර සංඝෝ රාජයාගේ ශ්රාවකයකු වූ දෙහිගස්පේ අත්තදස්සී හිමියෝ කැලණියේ වැඩ වාසය කොට ප්රතිසංස්කරණ කටයුතු කළහ. කෙටි කාලයකින් චෛත්යය, විහාරය, දේවාලය, ආරාමය නැවත ගොඩනැගිණි. මෙම කාර්යයෙන් සතුටට පත් වූ රජතුමා විහාරාධිපති හිමියන්ට තඹ සන්නසයක් ලබා දුන්නේය. අත්තදස්සි සහ එහි නඩත්තුව සඳහා අමතර ඉඩම් ප්රදානය කිරීම. පසුව හාමුදුරුවෝ. අත්තදස්සී, ඔහුගේ වාරයේ දී තම ශිෂ්ය පූජ්ය හාමුදුරුවන්ට පදවිය භාර දුන්නේය. මාපිටිගම බුද්ධරක්ඛිත. එතැන් සිට මාපිටිගම පැපිල පරම්පරාගතව විහාරස්ථානයේ විහාරාධිපතිත්වය එක් භික්ෂුවක සිට අනෙක් හිමිනම දක්වා වෙනස් විය.